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低剂量 CT 去噪:基准、数据集与工具库

最近更新:

做低剂量 CT 去噪,应在 2016 年 AAPM 低剂量 CT 大挑战的 Mayo Clinic 数据(现以 LDCT-and-Projection-data 在 TCIA 发布)以及主要的模拟基准 LoDoPaB-CT 上评估。几乎每一篇低剂量 CT 论文至今仍在 AAPM 的切分上报告结果。重建可以用 ASTRA Toolbox、TIGRE、ODL 或 CIL 等开源工具库;如果需要数据集里没有的剂量水平,可以用 LD-CT simulator 生成。

目录目前收录 69 篇低剂量 CT 论文,其中 20 篇附代码。下面的表格都由这些记录生成。

基准对比

以下是低剂量 CT 主题页列出的基准与评估协议,包括各自的起始年份和评估内容。每个条目都有自己的页面,列出目录中在其上报告结果的论文。

名称年份评估内容
AAPM Low-Dose CT Grand Challenge2016确立了 1/4 剂量 / 10% / 5% 协议与 Mayo 腹部队列的挑战赛。几乎每一篇低剂量 CT 论文至今仍在该切分上报告结果。
LoDoPaB-CT benchmark2021在 LoDoPaB-CT 切分上以大挑战赛方式评测,并发布经过调优的 FBP+U-Net 参照基线,使改进幅度可度量。
SPIE-AAPM-NCI LungX Challenge2015低剂量筛查 CT 上的肺结节良恶性诊断分类——任务是对照放射科医师做诊断,而非结节检测。共 70 例(10 训练、60 测试),数据经 TCIA 分发。
Noise2Noise denoising protocol2018让「无需干净真值即可训练去噪器」流行起来的参照实现。在 CT 上它成为标准的「无干净真值」评测协议——多数无监督 CT 去噪论文都在此设定下、用 Mayo-LDCT 式切分报告结果。

数据集

投影域或双域方法需要原始正弦图;图像域去噪器也可以在重建好的切片上训练。“数据”一列说明每个数据集提供的是哪一种。

名称数据成像方式许可
LoDoPaB-CT投影 + 图像2D fan-beamCC BY 4.0
LDCT-and-Projection-data投影 + 图像helical CTCC BY 4.0 (head scans NIH controlled access)
COBRA2026投影 + 图像cone-beamCC BY-NC 4.0
Walnut-21 (two dose levels)仅投影cone-beamCC BY 4.0
LIDC-IDRI未注明helical CTCC BY 3.0
STOIC 2021未注明CTCC BY-NC 3.0
MosMedData未注明CTCC BY-NC-ND 3.0
LoDoInd未注明industrial cone-beam CTCC BY-NC 4.0

工具库

通用重建工具库提供投影算子和迭代求解器,PyTorch 库提供学习型方法和展开方法,模拟器则把全剂量图像转换成逼真的低剂量图像。表中的许可是各工具库自己的许可。

名称语言许可提供什么
ASTRA ToolboxC++ / Python / MATLABGPL-3.0历史悠久的研究型工具箱,投影算子与算法覆盖面很广;CPU/GPU 上的参照基线。
TIGREMATLAB / PythonBSD-3-ClauseGPU 加速(CUDA)的锥束与平行束 CT 工具箱;提供 FDK、SART、SIRT、CGLS 及 TV 变体。
ODLPythonMPL-2.0算子离散化库——以泛函分析的框架组织逆问题,内置 CT 几何。
Core Imaging Library (CIL)PythonApache-2.0CCPi 的变分 CT 重建框架,附有一整套优化算法目录。
DeepInversePythonBSD-3-Clause面向成像逆问题的 PyTorch 库——物理算子、学习型去噪器、展开网络与基准测试。
LIONPythonGPL-3.0学习式迭代优化网络——基于 PyTorch 的展开式重建,用于 CT 与 PET。
LD-CT simulatorMATLABSee repository低剂量 CT 仿真器,用经过验证的噪声模型把高剂量图像转成逼真的低剂量对应图像。
Physics-ArXPythonSee repository基于物理的数据增强库,把真实的 CT/CBCT 噪声、散射与伪影模型注入既有图像,以构造成对训练数据。

从哪里开始

低剂量 CT 主题页中维护者挑选的入门论文:标准 CNN 基线、带感知损失的 GAN、Transformer、LoDoPaB-CT 的数据描述论文,以及一个自监督方法。更多无需干净目标的方法见自监督主题页。

论文发表出处年份推荐理由
Low-Dose CT with a Residual Encoder-Decoder Convolutional Neural Network · codeTMI2017残差编码器-解码器 CNN,已成为图像域去噪的标准基线,附代码。
Low Dose CT Image Denoising Using a Generative Adversarial Network with Wasserstein Distance and Perceptual Loss · codeTMI2018引入 Wasserstein GAN 训练与感知损失,避免低剂量图像被过度平滑,附代码。
CTformer: Convolution-Free Token2Token Dilated Vision Transformer for Low-Dose CT Denoising · codePMB2023一个不含卷积的视觉 Transformer 低剂量 CT 去噪方法,附代码;是 Transformer 类方法的良好代表。
LoDoPaB-CT, a benchmark dataset for low-dose computed tomography reconstruction · codeScientific Data2021LoDoPaB-CT 基准数据集的数据描述论文,附参考代码;在该数据集上报告结果前值得一读。
Self-Supervised Training For Low-Dose CT ReconstructionISBI2021只用含噪测量训练低剂量重建网络,无需全剂量目标图像。

常见问题

低剂量 CT 去噪的标准基准是什么?

2016 年 AAPM 低剂量 CT 大挑战中的 Mayo Clinic 数据,它确立了 1/4 剂量 / 10% / 5% 协议,几乎每一篇低剂量 CT 论文至今仍在该切分上报告结果。这批数据现以 LDCT-and-Projection-data 在 TCIA 发布。LoDoPaB-CT 则是主要的模拟基准。

哪些低剂量 CT 数据集提供投影数据?

在本站有单独页面的低剂量数据集中,提供投影数据的有:LoDoPaB-CT、LDCT-and-Projection-data、COBRA2026、Walnut-21 (two dose levels)。其余数据集见上方的数据集表格。

只用 LoDoPaB-CT 够吗?

它由 LIDC/IDRI 胸部扫描仿真而来,只有单一噪声水平(N0 = 4096),其他剂量水平需要自行重新仿真。建议同时在 Mayo 数据等真实数据基准上报告结果。

没有全剂量图像能训练低剂量 CT 去噪器吗?

可以。自监督方法免去了对成对全剂量图像的需求。Noise2Noise 推广了不需要干净目标的去噪器训练方式,在 CT 上它成了“没有干净真值”时的标准评估协议。